Этот запрос позволит получать данные только по активным объекта, исключая деактивированные

После Логин вы можете выполнить этот запрос, и тогда JSON ответов на запросы search_items/update_data_flags всегда будет содержать только данные по активным объектам.

svc=core/set_session_property&params={"prop_name":"skip_nonactive_items", "prop_value": 1}